Vytvorením samostatného Výskumného ústavu závlahového hospodárstva (VÚMKI), ktorý bol ustanovený uznesením vlády ČSR s účinnosťou od 1.1.1959 ako samostatná rozpočtová organizácia s celoštátnou pôsobnosťou sa začala písať história výskumu v odbore meliorácií, najmä závlah s prihliadnutím na aktuálne a perspektívne potreby poľnohospodárstva.
Najzávažnejšími problémami boli otázky hospodárenia s vodou v poľnohospodárstve, agrotechnika v závlahách, závlahová technika, ako aj ekonomika a organizácia závlahového hospodárstva. Základ pre vytvorenie nového ústavu tvorila bývalá Melioračná skupina Výskumného ústavu vodohospodárskeho Bratislave, Výskumný ústav pre aklimatizáciu teplomilných rastlín v Hurbanove-Szeszílesi, hospodárstvo Nový trh – účelové hospodárstvo VÚZH pre poľné pokusy a overovanie výsledkov výskumu v praxi a melioračné oddelenia Výzkumního ústavu meliorací v Prahe a Brne, ako výskumné stanice.
Od roku 1970 výskum nadobúdal stále širšiu komplexnosť. Ústav koordinoval v celoštátnom rozsahu (v rámci celého Československa) výskum problematiky závlah a úzko spolupracoval s inými špecializovanými ústavmi, investorskými organizáciami a výrobnými podnikmi.
Výskumný ústav závlahového hospodárstva prešiel počas svojej existencie mnohými zmenami. V rokoch 1986 – 1989 bol súčasťou Výskumného centra pôdnej úrodnosti. V roku 1990 bol znovu zriadený za účelom vykonávať výskum v oblasti závlah. Výskumný ústav sa v podstatnej miere špecializoval na komplexnú problematiku závlah v rámci celej ČSSR . Otázky odvodnenia, erózie, rekultivácie pôd a ďalších melioračných opatrení riešil celoštátne Výskumný ústav meliorací Praha Zbraslav.
V roku 1993, po rozdelení Československa a vytvorení samostatnej Slovenskej republiky, ústavu prestali patriť výskumné stanice v Prahe a v Brne. Výskum súvisiaci s vodohospodárskym režimom pôdy a poľnohospodárskej krajiny aj s riešiteľskými kapacitami zostal v Českej republike. V Slovenskej republike došlo k zrušeniu Štátnej melioračnej správy (1992). V týchto rokoch ústav postupne rozširoval svoju činnosť o riešenie poľnohospodárskych a vodohospodárskych aspektov krajiny. Týmto prekročil rámec problematiky závlahového hospodárstva a postupne sa preorientovával na celý komplex meliorácií a súvisiaceho krajinného inžinierstva v Slovenskej republike.
V roku 1996 bol Výskumný ústav závlahového hospodárstva premenovaný na Výskumný ústav meliorácií a krajinného inžinierstva. Rozšírenie činnosti ústavu znamenalo nasmerovať základný a aplikovaný výskum na teoreticko-aplikačné problémy regulácie vody v krajine, ako aj hospodárenie s vodou v poľnohospodársky využívanej krajine z aspektu rozvoja hydromeliorácií. Výskumné aktivity ústavu v rámci riešenia vedeckých projektov boli zamerané na prehlbovanie poznatkov o procesoch, ktoré sa podieľajú na kvantitatívnych a kvalitatívnych zmenách vodného režimu, o pohyboch vody v otvorenom fyzikálnom systéme atmosféra-vegetácia-reliéf-zóna aerácie pôdy–podzemná voda, z hľadiska priestorového a časového aspektu. V oblasti aplikovaného výskumu ústav riešil hydrodynamiku zóny aerácie pôdy, jej interakciu s podzemnou vodou, spresňovanie závlahových režimov, pestovateľské technológie poľných a špeciálnych plodín v podmienkach regulovaného vodného režimu pôdy, tok a transformáciu energie v závlahovom hospodárstve, makro a mikroekonomické analýzy v oblasti hydromeliorácií, vplyv klimatických zmien na poľnohospodárstvo a možnosti adaptačných opatrení v oblasti závlah a odvodnenia.
Od 1.06.2001 sa rozhodnutím Ministerstva pôdohospodárstva SR vykonala transformácia VÚMKI na Odštepný závod (OZ) Hydromeliorácie Slovenského vodohospodárskeho podniku, š.p. Banská Štiavnica.
S platnosťou od 1.07. 2003 bol Rozhodnutím Ministerstva pôdohospodárstva SR vytvorený samostatný štátny podnik Hydromeliorácie, š.p.